昌邑区始为昌邑屯。清乾隆九年（1744年），山东省昌邑县李家郜庄、西营庄、徐家官庄饥民逃荒来到吉林城外东五里许落户，逐渐形成屯落，并按原籍取名昌邑屯。时属奉天府永吉州所辖。清乾隆十二年（1747年），永吉州改为吉林厅，昌邑屯隶属吉林厅管辖。清光绪八年（1882年），设立吉林分巡道，吉林厅改为吉林府，昌邑屯归属吉林分巡道吉林府管辖。清光绪三十三年（1907年），吉林将军衙门改设行省，昌邑屯归属吉林省吉林府管辖。1913年，吉林府改为吉林县，昌邑屯隶属吉林省吉林县。1915年，吉林省警察厅改为省会警察厅，昌邑屯划归省会警察厅第三警察区所属。1929年，吉林市政筹备处成立，警察区改为行政区，昌邑屯又为吉林市第三行政区所辖。东北沦陷后，1936年，伪吉林市公署成立，并将全市划为昌邑、船营、朝阳、通天、德胜5个行政区，各区置区事务所，因昌邑区域内有昌邑屯而得名昌邑区，为昌邑区设治之始。1941年，日伪当局为强化统治，将全市划为10个区，并在各区之下设立分区，昌邑区下设8个分区。抗战胜利后，1946年，建立昌邑区民主政府，同年5月，东北民主联军战略转移后，在国民党政府占据吉林市期间设立昌邑区公所。