磐石境内水资源较充沛。多年平均水资源总量为8.63亿立方米，其中地表水资源量为8.39亿立方米，地下水资源量为1.52亿立方米，地表水资源与地下水资源间重复计算量为1.28亿立方米。磐石市属丘陵半山区。磐石市地下水资源量为1.52亿立方米，地下水可开采量为0.78亿立方米。其中饮马河（不含伊通河）水资源四级区地下水资源量为0.47亿立方米，地下水可开采量为0.3亿立方米；辉发河水资源四级区地下水资源量为1.05亿立方米，地下水可开采量为0.48亿立方米。以哈达岭为分水岭，形成南部辉发河，北部饮马河两大水系。共有大小河流65条。流域面积3867.31平方公里。多年平均降雨量719毫米。受气候和地形影响，降雨量从西北向东南递增，西北部最小，仅624毫米，东南部最大，高达803毫米。全市建有蓄水工程649座。其中：中型水库4座，小（Ⅰ）型水库23座，小（Ⅱ）型水库110座，塘坝512座，总蓄水能力1.3亿立方米。全市水域面积5400公顷，可养殖水面3586.7公顷，常见鱼类有：鲤鱼、鲫鱼、鲇鱼、青鱼、武昌鱼、白鲢、胖头、马口、嘎牙子、川丁子、泥鳅等，年产成鱼6050吨。